Σύμφωνα με στοιχεία της Greepeace, όπως δημοσιεύονται στο "Βήμα", το 65%-70% των δημοφιλέστερων ψαριών στην αγορά, μεταξύ των οποίων το μπαρμπούνι, η κουτσομούρα και ο ξιφίας, αλιεύονται σε υπερβολικό βαθμό και μάλιστα σε μέγεθος μικρότερο απ' αυτό που επιτρέπεται.Απειλή για τα νερά των ελληνικών θαλασσών αποτελεί η υπεραλίευση. Η αλιεία μπορεί να αποτελεί κυριο κλάδο της πρωτογενούς παραγωγής, αλλά οι καταστροφικές της μέθοδοι που εφαρμόζονται σε υπερβολικό βαθμό οδηγούν πολλά είδη ψαριών σε εξαφάνιση. Το γεγονός αυτό εγκυμονεί κινδύνους για την ισορροπία του οικοσυστήματος αλλά και τον ίδιο τον κλάδο της αλιείας.
Έρευνα της αλιευτικής έρευνας του Αρχιπελάγους στο Ανατολικό Αιγαίο φανέρωσε ότι αλιεύεται μεγάλο ποσοστό ψαριών που δεν έχουν φτάσει σε ηλικία αναπαραγωγής. Όπως δήλωσε η υδροβιολόγος Αναστασία Μήλιου από από το Ινστιτούτο Θαλάσσιας Προστασίας "Αρχιπέλαγος" στο Βήμα: "Δεν πρέπει να αγοράζουμε ψάρια μικρότερα του επιτρεπόμενου μεγέθους. Είναι παράνομο και οδηγεί σε κατάρρευση των ιχθυαποθεμάτων, καθώς αλιεύονται πριν από την πρώτη αναπαραγωγή τους.
